Βασικοί στόχοι της ΜΣΑ είναι η αντιμετώπιση των συμπτωμάτων του συνδρόμου στέρησης σε χρήστες οπιοειδών και αλκοόλ, η ψυχοκοινωνική υποστήριξη και κινητοποίηση, η προετοιμασία και παραπομπή σε κατάλληλο πρόγραμμα απεξάρτησης. Η συγκεκριμένη δομή περιέχει μονάδα κλειστής αποτοξίνωσης μέσω 2 ξεχωριστών τομέων: Νοσηλείας Αλκοολικών και Νοσηλείας Χρηστών Ναρκωτικών, στόχος των οποίων είναι η αντιμετώπιση του Στερητικού Συνδρόμου και άλλων Παθολογικών Καταστάσεων. Πιο συγκεκριμένα, στη Μονάδα Σωματικής Αποτοξίνωσης αναπτύσσονται πλήθος θεραπευτικών προγραμμάτων απεξάρτησης από το αλκοόλ και τις «νόμιμες» εξαρτήσεις παρέχοντας ένα ολοκληρωμένο θεραπευτικό κύκλο τουλάχιστον σε 200 ωφελούμενους, πιθανόν άπορους και οικονομικά αδύναμους πολίτες που βρίσκονται αντιμέτωποι με το πρόβλημα της τοξικοεξάρτησης.
Οι ωφελούμενοι των υπηρεσιών/προγραμμάτων πρόληψης και αντιμετώπισης των εξαρτήσεων είναι άτομα που κάνουν χρήση εξαρτησιογόνων ουσιών ή παρουσιάζουν άλλου τύπου εξαρτητικές συμπεριφορές, άτομα του στενού τους περιβάλλοντος, ευπαθείς κοινωνικές ομάδες που ενδέχεται να αναπτύξουν αντικοινωνικού τύπου συμπεριφορές (χρήση ουσιών, παραβατικότητα) και το σύνολο του πληθυσμού για τα προγράμματα υπηρεσιών πρόληψης. Το Κέντρο στοχεύει στην εξυπηρέτηση του γενικού πληθυσμού από όλη την Ελληνική Επικράτεια, καθώς αποτελεί μοναδικό Κέντρο Detox μαζί με το αντίστοιχο πρόγραμμα ΙΑΝΟΣ του Ψυχιατρικού Νοσοκομείου Θεσσαλονίκης (ΨΝΘ). Το Κέντρο στηριζόμενο σε ένα ολιστικό μοντέλο ψυχοσωματικής απεξάρτησης, απευθύνεται σε χρήστες οπιοειδών και αλκοόλ που βρίσκονται αντιμέτωποι με τα συμπτώματα του συνδρόμου στέρησης και αναζητούν ένα τρόπο απεξάρτησης. Ευάλωτες κατηγορίες πολιτών που αναζητούν ψυχοκοινωνική υποστήριξη και κινητοποίηση ενώ παράλληλα είναι πρόθυμοι να παραπεμφθούν μετά από κατάλληλη προετοιμασία σε προγράμματα απεξάρτησης και θεραπείας σε όλη την επικράτεια. Με την ολοκλήρωση της ενδονοσοκομειακής νοσηλείας, οι ασθενείς είναι σε θέση, απαλλαγμένοι από τα στερητικά συμπτώματα, να λάβουν εξιτήριο και να συνεχίσουν παρακολούθηση ως εξωτερικοί ασθενείς σε τακτική βάση, με ραντεβού, για ένα χρόνο περίπου. Στη φάση αυτή, θα λαμβάνουν αγωγή για τη διατήρηση της αποχής από το αλκοόλ, θα αντιμετωπίζονται δευτερογενή προβλήματα ψυχικής υγείας που σχετίζονται με το αλκοόλ και συμβάλλουν στην υποτροπή (άγχος, κατάθλιψη) και θα υποστηρίζονται ψυχοθεραπευτικά, ατομικά ή ομαδικά.